Аллен родился 6 мая в 1908 году. Он был талантливым физиком-экспериментатором.
Закончил университет Манитобы в 1928 году, и Торонто в 1930 году, он обнаружил в себе массу талантов. Начиная с 1930 и до 1933 года, он занимал должность в Национальном исследовательском центре в городе Оттава. С 1935 и до 1978 года он считался профессором университета Сент Андруса в Шотландии.
Этот замечательный человек занимался исследованием в области физики низких температур, в том числе сверхтекучести гелия и сверхпроводимости. Ученый работал с измерением поверхности натяжения гелия жидкого типа, а также его вязкости и впервые узнал о возможности проводить тепло. Данное открытие было сделано им в 1938 году. Как только был исследован процесс изменения вязкости жидкого гелия, Джон совместно с А. Майзнером сделал открытие уникальных аномалий в поведении вязкости. Их открытием было то, что во время изменения вязкости при протекании гелия через некоторые узкие щели и капилляры, происходят определенные процессы. Такое же открытие сделал в это же время П.Л. Капица. Он дал ему название «сверхтекучесть». Во время исследования теплопроводности жидкого гелия, ученый подтвердил ее аномальные высокие значения, которые ранее были установлены братьями Кеезомами. Ученый обнаружил также, что проходящий поток тепла через гелий не является пропорциональным разности температур. Чем меньше разница температур, тем больше становится возможность проводить тепло вещество. Для того, чтобы объяснить некоторые особенности проведения тепла жидкого гелия, ученый сформулировал понятие пристенного слоя.